Støyen til en mikropumpe kan hovedsakelig deles inn i tre deler: hydrodynamisk støy, mekanisk støy fra bevegelige deler og motorstøy.
Hydrodynamisk støy genereres når mikropumpen er i drift, og produserer kontinuerlig trykkpulser i væsken, som eksiterer vibrasjoner i komponenter som pumpehuset, ventiler og rør, og utstråler støy til utsiden. I følge målinger fra forskere ved Chengdu Qihai Electromechanical Company, er hydrodynamisk støy den viktigste støykilden i mikropumper.
Den hydrodynamiske støyen til en mikropumpe er middels-til-lavfrekvent støy. Når en mikrovakuumpumpe trekker inn luft, åpnes innløpsventilen og utløpsventilen lukkes og trekker luft inn i pumpekammeret. Dette skaper intense trykksvingninger i innløps- og ventilkamrene, som stråler utover som lydbølger og danner innløpsstøy. Innløpsstøy har et bredbånds kontinuerlig spektrum, og grunnfrekvensen kan beregnes ved å bruke formelen f=2n/60 (der n er rotasjonshastigheten per minutt). I tillegg til grunnfrekvensen er det også høyfrekvente harmoniske-, men lydnivået til disse harmoniske er lavere enn grunnfrekvensen.
Jo høyere rotasjonshastighet, jo større vakuum, og jo større strømningshastighet, jo større innløpsstøy. Under eksos lukkes innløpsventilen og utløpsventilen åpnes, noe som får luft til å utvide seg. Luftstrømmen passerer raskt gjennom utløpet, genererer lydbølger og skaper eksosstøy. Eksosstøy viser også et bredbånds kontinuerlig spektrum. Høyere rotasjonshastighet, trykk og strømningshastighet resulterer i høyere eksosstøy. Ved å koble til et langt plastrør reduseres både innløps- og utløpsstøy. Årsakene til støy i miniatyrvakuumvannpumper er komplekse.
På grunn av periodiske trykksvingninger i pumpekammeret, genererer ustabil vannstrøm mange virvler. Raske trykkendringer på membranen, pumpekammeret og ventilene, samt friksjon mellom vannet og pumpekroppen, genererer støy. Spesielt når vanntemperaturen er høy og pumpevakuumet er lavt, kan trykket i pumpekammeret under sugeslaget være lavere enn det mettede damptrykket til vann ved den temperaturen. Dette forårsaker vannfordamping, produserer mange bobler og danner en kompleks tofasestrøm. Under kompresjonsslaget, under høyere trykk, kollapser disse boblene raskt, noe som får vann rundt boblene til å skynde seg mot boblesenteret med høy hastighet, noe som resulterer i høy-frekvent, høy-slagvannslag som kontinuerlig påvirker pumpens interne komponenter.